V roce 2008 se do akce, která v pondělních novinách zaujímala titulní stránky, zapojilo 25 institucí a celkem 51 objektů. Alespoň to uvádí brožurka, která byla při příležitosti Muzejní noci vydaná.
Pro dopravu tisíců návštěvníků bylo vypraveno několik desítek autobusů ze všech garáží Dopravního podniku hlavního města Prahy. Při pátém ročníku byla navíc zavedena další nová linka spojující Černý Most s Chvalskou tvrzí. Autobusové linky byly opět bezplatné.
V provozu byly následující zvláštní autobusové linky:
Linka 1 (771): Staroměstská - Staroměstská - Náměstí Republiky - Florenc - Trocnovská a zpět
Linka 2 (772): Staroměstská - Veletržní - Nádraží Holešovice - Zoologická zahrada a zpět
Linka 3 (773): Staroměstská - Řásnovka - Muzeum - I.P.Pavlova - Karlov - Vyšehrad - Výtoň - Karlovy lázně - Staroměstská
Linka 4 (774): Staroměstská - Malostranská - Hradčanská - Vozovna Střešovice - (Hradčanské náměstí) - Pražský hrad - Letohrádek Belveder - Malostranská - Staroměstská
Linka 5 (775): Staroměstská - Karlovy lázně - Švandovo divadlo - Újezd - Hellichova - Malostranské náměstí - Staroměstská
Linka 6 (776): Staroměstská Zbraslavské náměstí - Karlovy lázně - Staroměstská
Linka 7 (777): Staroměstská - Letňany - Letecké muzeum a zpět
Linka 8 (778): Staroměstská - Veletržní - Zemědělské muzeum - Hradčanská - Kaštan - Vozovna Střešovice - Hradčanská - Staroměstská
Linka 9 (779): Černý Most - Chvalský zámek - Černý Most P+R - Černý Most
Celkem bylo vypraveno několik desítek autobusů:
Linka 1 (771): pořadí 10 až 14 (5 vozů)
Linka 2 (772): pořadí 20 až 27 (8 vozů)
Linka 3 (773): pořadí 30 až 39 (10 vozů)
Linka 4 (774): pořadí 40 až 49 (10 vozů)
Linka 5 (775): pořadí 50 až 51 (2 vozy)
Linka 6 (776): pořadí 60 až 63 (4 vozy)
Linka 7 (777): pořadí 70 až 73 (4 vozy)
Linka 8 (778): pořadí 80 až 81 (2 vozy)
Linka 9 (779): pořadí 90 (1 vůz)
Kromě toho byly ještě zajištěny posilové kurzy pro linky číslo 5, 6, 7 a 8, interně označené jako linka 767 a pořadí 97 až 99.
Linky jezdily plně vytížené, vyjma počátků provozu od cca 18:30 do 19:30, kdy většina návštěvníků dorazila do zastávky Staroměstská. Intervaly linek přesto byly dodržovány:
Linka 1 (771): interval 7 až 8 minut
Linka 2 (772): interval 7 až 8 minut
Linka 3 (773): interval 4 minuty
Linka 4 (774): interval 4 minuty
Linka 5 (775): interval 10 minut
Linka 6 (776): interval 15 minut
Linka 7 (777): interval 15 minut
Linka 8 (778): interval 25 minut
Linka 9 (779): interval 20 minut
Centrálním bodem byla opět Staroměstská v návaznosti na metro trasy A.
Linky byly v provozu od 18:30 do 0:00 až 1:00, kdy byla Muzejní noc 2008 ukončena.
Autobusy jezdily v centrální oblasti po minutových intervalech, kumulace a odstavování vozů byla zajištěna na nábřeží u Právnické fakulty.
Pražský dopravní podnik na akci zval také v metru díky zvláštním hlášení.
Po dobu výluky byly změněny trasy některých linek MHD:
Linka 17:
SÍDLIŠTĚ MODŘANY - ... - Staroměstská - Malostranská - Čechův most - ... - SÍDLIŠTĚ ĎÁBLICE
Linka 133:
SÍDLIŠTĚ MALEŠICE - ... - Právnická fakulta - MALOSTRANSKÁ (nástupní posunuta o 25 metrů vpřed)
Akce skončila v jednu hodinu ráno, opět se setkala s nebývale velkým zájmem návštěvníků.
